Det viser sig selvfølgelig, at Kaptajn Spock ikke døde, da han tidlgere heroisk ofrede sig. Men hans sjæl og legeme er skilt fra hinanden, og kun et metafysisk ritual på hans hjemplanet, Vulcan, kan stykke ham sammen igen. Det gode gamle skib NCC-1701 står derimod ikke til at redde, efter admiral Kirk møder klingonerne på planeten Genesis, hvor hans bedste ven og rådgiver er strandet.