Die Ninja gehen nach dem Kampf gegen Kalmaar getrennte Wege, der Schmerz nach dem Verlust Nyas, die eins mit dem Meer wurde, sitzt tief. Doch als ein unbekannter Schurke für den Diamant-König Tiefenstein schmuggelt und Bösewichte für mysteriöse Pläne rekrutiert, schließen sich die Ninja wieder zusammen, um Nya zurückzuholen und den neuen Schurken aufzuhalten!