Après la défaite de l'invasion fantôme de Morro, les ninjas sont désormais devenus de grandes célébrités médiatiques. Mais des forces obscures menacent une fois de plus l'île de NINJAGO lorsque la théière de Tyrahn est redécouverte par le fantôme de Clouse, l'ancien bras droit de Maître Chen. Il libère Nadakhan, un djinn sournois et maléfique, offrant trois souhaits à quiconque le lui demande, et aussi capitaine du tristement célèbre Vaisseau de la Malédiction. Après avoir rassemblé son équipage de pirates, Nadakhan retourne dans son royaume natal Djinjago, qu'il retrouve en train de s'effondrer après l'achèvement de la Très Puissante par les ninjas. Il jure de se venger et réaménage son navire pour qu'il puisse voler. Ils sont désormais des pirates du ciel.