À la recherche d’Ethan, Theresa et Ben mènent l’enquête sur la route de Wayward Pines. Appréhendés par le shérif, ils se retrouvent à leur tour coincés dans la petite bourgade. Après l’exécution sanglante de Beverly sur la place publique, Ethan, rejoint par sa famille, est déterminé à s’enfuir. Ce sera sans l’aide de Kate qui dit être enfermée depuis douze ans et dont le désir de s’échapper semble s’être envolé.