Pour mettre fin à la tragédie, le fléau s'abat - la proclamation est faite. En plus de l'exécution publique du Premier ministre Fujiwara, 50 000 civils seront également tués. L'équipe de Code : Breaker se démène pour mener à bien sa mission alors que le Japon tout entier sombre dans la panique. Cependant, malgré tous leurs efforts, les bombes déclenchées engloutissent chaque seconde de plus en plus d'innocents. Ils reçoivent un courrier électronique. L'expéditeur est inconnu, mais il pointe vers un certain point. Est-ce que cela vaut la peine d'y croire, ou... ?