Maghi e Spiriti Eroici combattono e si affrontano nella Guerra del Santo Graal, al fine di ottenere la coppa onnipotente in grado di esaudire qualsiasi desiderio. Si tratta di una guerra distorta, dove una ragazza di nome Sakura Matou annega nell'oscurità a causa dei peccati commessi, e un ragazzo di nome Shirou Emiya si lancia nella furiosa battaglia per proteggere la ragazza che ama e fermare la Guerra.