Nonostante abbiano salvato innumerevoli vite grazie all'onniscienza de La Macchina, John Reese e Harold Finch, insieme all'operativa letale Sameen Shaw e all'imprevedibile hacker cibernetico Root, ora affrontano un futuro incerto. Con un secondo sistema - Samaritan - ora online, il team sfuggente è ora un obiettivo, nascosto alla vista di tutti. L'unica cosa più spaventosa del fatto che l'organizzazione spietata Decima detti le regole è lasciare tali decisioni a una Macchina non testata. Affrontando un domani pericoloso, il team POI deve trovare un modo per ingannare Samaritan, un'intelligenza artificiale onniveggente e onnipotente, autonoma, in continua evoluzione e sempre più forte ogni giorno.