In un magazzino della Marina scoppia un violento incendio ed il contenuto viene praticamente incenerito. Nell'ispezione dopo il rogo vengono rinvenuti nelle macerie alcuni documenti importanti della Marina, che risultavano essere scomparsi. La sicurezza nazionale è in pericolo. Mentre l'NCIS si avvale nelle indagini dell'aiuto della polizia di Baltimora, Tony incontra un ragazzo che aveva salvato da un incendio da ragazzo.