우츠미와 그리폰의 체포를 위해 움직이기 시작한 샤프트 상층부. 그러나 우츠미는 SSS의 포위망을 빠져 나와 연구소에서 그리폰째로 도주. 해상 루트로 도쿄로 향하다. 한편, 제2소대는 도쿄만의 대 돌제, 통칭 「바빌론의 성문」으로 SSS가 그리폰을 매복시킬 것으로 예상. 잉그램에 중화기를 장비해 바빌론의 성문에 배치하고 요격 체제를 짠다. 그 날 밤, 드디어 화물선에서 그리폰이 출격. 바빌론의 성문을 무대로 제2소대, 그리폰, SSS에 의한 3파전의 싸움이 시작된다...