Остановив вторжение призраков Морро, Ниндзя приобрели большую популярность. Но тёмные силы снова угрожают острову Ниндзяго. Призрак Клаус, в прошлом правая рука Мастера Чена, вновь отыскал чайник Тайрана. Он позволил Надакхану, злому джинну и капитану пользующейся дурной славой «Цитадели несчастий», высвободиться из чайника. Собрав свою команду пиратов, Надакхан вернулся в свой родной мир Джинзяго и обнаружил его в разрушенном состоянии. Увидев эти разрушения, вызванные битвой Ниндзя с Высочайшей, Надакхан поклялся отомстить. Он модернизировал свой корабль, чтобы он мог летать, и начал готовиться к атаке. Теперь они Небесные пираты. Он планирует воссоздать Джинзяго на небесах с помощью частей острова Ниндзяго. На его пути встали Ниндзя, но каждого из них джинн испытал желаниями. Они поняли, что их желания обратились против них самих. Один за одним они попали в заточение в Джинн-клинок, а их энергия стала питать Надакхана, делая его сильнее. Надакхан видит Нию, которая выглядит в точности как его давно потерянная любовь Делара. Если у него получится жениться на Нии, это вернёт дух Делары к жизни и дарует джинну бесконечное количество желаний. Пока Надкахан планирует свадьбу, оставшиеся Ниндзя ищут яд Тигровой вдовы — единственное, что может замедлить всесильного джинна. Но, чтобы заполучить яд, они должны сразиться с песчаными червями и Небесными пиратами. А до тех пор, пока Джей не освободит своих друзей из Джинн-клинка, они не смогут помешать нежеланной свадьбе. Затем Небесные пираты, каждый из которых стал жертвой чар Надакхана, взбунтовались и использовали яд Тигровой вдовы. Надакхан был побеждён, а чары пали. Но в ходе сражения Ния прикоснулась к яду и смертельно отравилась. Убитый горем, Джей загадывает своё последнее желание. Он пожелал, чтобы Чайник Тайрана никогда не был найден. Мир возвращается в то состояние, в котором он был в начале истории, а Надакхан вновь оказался заточён в чайнике на дне морском. Только Джей и Ния, уже ставшие парой, помнят о том, что случилось.