Významný bol Pasteurov objav anaerobiózy u baktérií maslového kvasenia, ktoré znamenal základné poznatky pre ďalšie štúdium procesov dýchania a kvasenia. Venoval sa štúdiu nákazlivých chorôb zvierat. Dospel k všeobecnému záveru, že všetky nákazlivé choroby spôsobujú mikróby.