När Jake hittar ledtrådar till ett mysterium som spänner över tid och rum upptäcker han en hemlig plats som kallas Miss Peregrines hem för besynnerliga barn. När Jake lär sig mer om de boende där och deras besynnerligheter inser han att säkerheten är en illusion och att faran lurar som en mäktig och dold fiende. Jake måste lista ut vem som är verklig, vem han kan lita på och vem han verkligen är.