Nachdem Gensei das Misaka-Netzwerk unter seine Kontrolle gebracht hat, befindet sich Misaka nun im Prozess der Umwandlung zu einem Level 6er. Während Shokuhou Misaki weiter Gensei auf den Fersen bleibt, läuft sie einem alten Bekannten über den Weg: Kamijou Touma. Den spannt sie natürlich direkt mit ein, doch dabei bleibt es nicht, denn kurz darauf treten zudem Kuroko und Sogiita Gunma auf den Plan.