Chip, un chico de 9 años, al que le gusta más jugar que las clases de física y química, es víctima de un accidente que se produce en el Instituto de Altas Energías, donde un sabio loco ha estado trabajando en un acelerador de partículas. Tanto el sabio, llamado Dr.No, como Chip, son arrebatados por un rayo descontrolado y lanzados al Micromundo. Una dimensión muy particular poblada por átomos que nunca habían visto un ser humano. El Dr. No, que con sus experimentos ha conseguido transformar la materia en antimateria, desde el Micromundo, inicia la construcción de la Torre Negra, una poderosa máquina con la que podrá volver a la tierra y dominarla por el miedo. Su loco objetivo es esclavizar a todos los átomos y luego adueñarse de todo y todos, hasta convertirse en dueño del mundo.