Dans le Japon féodal, Nio et sa sœur Iroha mènent une vie insouciante dans la ville de Kyoto, dans laquelle l'arrivée des Miburo, un groupe de samouraïs errants réputés pour leur violence, est rapidement devenu source de tensions avec les habitants. Mêlé à une série de kidnappings, Nio se retrouve à croiser le chemin de Sôji Okita et de Toshizô Hijikata, rencontre qui formera en lui le désir ardent de changer le monde.