Pour empêcher XANA de récupérer sa puissance, Jérémie a l'idée de capturer un spectre et de récupérer ses codes de programmation. Mais le spectre détruit les scans durant l'opération et des particules se dévirtualisent sur Lyoko. Quiconque touchant ce spectre tombe alors dans un coma et Ulrich, Yumi et Odd se retrouvent coincés sur Lyoko...