Ergens op een verre planeet werden X en Geed verslagen door een paar zwarte Ultramen die qua uiterlijk hun gelijkenis droegen. Tegelijkertijd richtte een oude vijand van Taro genaamd Ultra Dark-Killer zich op zowel Zero als Grigio, waardoor Taro gedwongen werd de New Generation Heroes te rekruteren om de League of Darkness te stoppen.