Jedného krásneho rána sa dr. Elizabeth Weirová prebudí v psychiatrickej liečebni na Zemi. Nevie, ako sa sem dostala a kde je zvyšok jej tímu z Atlantídy. Je jej povedané, že všetko, čo podľa nej posledných pár rokov prežila, je len výmysel jej predstavivosti a fantázie. Atlantída nikdy neexistovala, nikto nič nevie ani o hviezdnej bráne a cestovaniu medzi planétami. Všetko je vraj zapríčinené nadmerným stresom a zrútením Elizabeth. Je len na nej, či tomu uverí alebo nie...